適用症例が限られている
マウスピース矯正の適用範囲は広がってきてはいますが、まだワイヤーを用いた矯正治療のようにどんな症例でも対応できるものではありません。上記にあげたようにマウスピースを用いた矯正には一般受けしやすいメリットがたくさん有ります。そんなに良いことばかりなら矯正装置はマウスピースだけで良いと思いませんか？でもそうはなっていません。
使用時間を守る必要がある
当たり前なのですが、マウスピース型カスタムメイド矯正歯科装置（インビザライン）をはじめとするマウスピース型矯正装置は取り外せるというメリットが有る反面、外してばかりでは治らないというデメリットがあります。マウスピース型カスタムメイド矯正歯科装置（インビザライン）を製造しているアラインテクノロジー社は1日22時間以上を推奨しています。
※マウスピース型カスタムメイド矯正歯科装置（インビザライン）は、薬機法の承認を受けておりませんので医薬品副作用被害救済制度の対象となりません。未承認完成物薬機法対象外の矯正歯科装置であり、医薬品副作用救済制度の対象外となる可能性があります。